Unter den Bäumen sind besonders die Nadelbäume häufig. Eine der bekanntesten Arten ist die japanische Sicheltanne, die Höhen bis 45 Meter erreicht. Ebenfalls heimisch sind hier Lärchen, Fichten und zahlreiche Kiefern-Arten. In Kyushu, Shikoku und im südlichen Honshu finden sich auch subtropische Bäume wie Kampfer- und Banyanbaum. Hier werden außerdem Teesträucher angebaut. Im zentralen und nördlichen Honshu entspricht die Baumvegetation derjenigen der gemäßigten Klimazone; hier gedeihen Buchen, Weiden, Kastanien und viele Nadelbäume. Maulbeerbäume werden in großem Umfang zur Seidenraupenzucht angebaut, ebenfalls die Lackbäume, die den Grundstoff für die berühmten japanischen (und chinesischen) Lackkunstarbeiten liefern.

In Hokkaido ist die Vegetation eher borealer Natur und ähnelt derjenigen Südsibiriens. Fichten, Lärchen und bestimmte Kiefern zählen hier zu den häufigsten Bäumen, teilweise finden sich aber auch Erlen, Pappeln und Buchen. Die häufigsten in Japan angebauten Obstsorten sind Pfirsiche, Mandarinen, Birnen und Orangen. In Japan wird eine einzigartige Form der Landschaftsgärtnerei betrieben: In den dortigen Gärten finden sich häufig Miniaturreproduktionen natürlicher japanischer Landschaften. Eine weitere typische Kunst ist die Bonsai-Kultur, bei der durch sorgfältiges Zuschneiden und spezielle Pflanz- und Pflegemethoden Miniaturausgaben von Bäumen entstehen, die der charakteristischen Wuchsform entsprechen.

Die Greifvogelfauna umfaßt u. a. Seeadler, Fischadler, Mäusebussard, Graugesichtsbussard, Schwarzmilan, Sperber, Habicht, Wanderfalke und Turmfalke. An Gewässern leben Reiher (Grau-, Silber- und Seidenreiher), Kormoran, Kleiner Löffler und die Chinesendommel. Zu den in Japan beheimateten Hühnervögeln gehört die Japanische Wachtel. Aufgrund der langen Küstenlinien ist die Seevogelfauna mit Möwen, Enten und Watvögeln sehr artenreich. Zu den Singvögeln gehören die auch in Mitteleuropa weit verbreiteten Arten Feldsperling, Eichelhäher, Tannenhäher, Rauch- und Mehlschwalbe, Schwanzmeise und Kleiber. Ein bemerkenswerter Lurch ist der in Bergbächen lebende Riesensalamander, der über eine Länge von über einem Meter erreichen kann. Die Küstengewässer Japans bieten vielen Fischen wie Kabeljau, Thunfischen, Lachsen und Kugelfischen (die als Fugu gegessen werden) Lebensraum.

Im Sommer dominieren vor allem die Monsunwinde aus dem Südwesten und Südosten neben Taifunen oder tropischen Wirbelstürmen, ergiebigen Regengüssen und hohen Temperaturen, die im nördlichen Drittel der Inseln deutlich abfallen. Die Meeresströmungen beeinflussen ebenfalls das Klima.