Im Umweltschutzbereich besteht noch viel Handlungsbedarf. Der Verbindung von Umweltschutz und Entwicklung kommt besondere Bedeutung zu: rund die Hälfte der Bevölkerung gilt als arm, und hiervon leben etwa 2/3 in ökologisch sensiblen Gebieten. Speziell die Sektoren Bergbau, Energie und Fischerei stellen Umweltschutzbestrebungen vor erhebliche Probleme. Auch der Schmuggel mit seltenen Tieren und das illegale Roden von Tropenhölzern fügen den peruanischen Regenwäldern schwere Schäden zu. Das Interesse für Umweltfragen nimmt jedoch zu; so sind im Zusammenhang mit dem Erdgasprojekt Camisea, das 2004 den Betrieb aufnimmt, besonders auch dessen Umweltaspekte Gegenstand öffentlicher Diskussion. Gleiches gilt für einige derzeit neu geplante Bergbauprojekte.

Seit kurzem wird der Ökotourismus verstärkt als Wirtschaftsfaktor betrachtet, und es nehmen die Bemühungen zu, auch in diesem Rahmen natürliche Ressourcen zu erhalten. Peru ist eines der artenreichsten Länder der Welt und das Land mit der neuntgrößten Waldoberfläche.