Die natürliche Vegetation Madagaskars wurde vor allem durch Brandrodung weitgehend zerstört. Die artenreichen tropischen Regenwälder im Osten und Nordwesten der Insel sind größtenteils verschwunden, die Anzahl zusammenhängender Waldflächen nimmt rapide ab. Den 1999 veröffentlichten Ergebnissen einer Studie zufolge sind von der ursprünglichen Waldfläche Madagaskars nur noch etwa 10 Prozent erhalten. Allein der jährliche Verlust an Waldfläche durch Buschfeuer wird auf 150 000 bis 250 000 Hektar beziffert.

Madagaskar war das erste afrikanische Land, das sich an dem Vorhaben Debt-for-Nature (Schuldenerlass gegen Naturschutz) beteiligte. Man bemüht sich durch Wiederaufforstungsprojekte, Baumbestände in Hochlandgebieten zu fördern. Die Regierung hat 1,9 Prozent (1997) der gesamten Landesfläche unter Schutz gestellt. Das Tsingy de Bemaraha-Naturschutzgebiet wurde 1990 zum Weltnaturerbe erklärt. Madagaskar ratifizierte mehrere internationale Umweltabkommen, die Themen wie Artenvielfalt, Desertifikation, gefährdete Arten, den Erhalt der Meeresflora und -fauna, den Schutz der Ozonschicht sowie das Verbot von Atomtests betreffen.

Die durch übermäßige Entwaldung verursachte Bodenerosion und eine unzureichende Abwasserentsorgung sind Hauptgründe für eine starke Verschmutzung von Oberflächengewässern. In ländlichen Regionen haben nur 31 Prozent (1999) der Bevölkerung Zugang zu sauberem Wasser. Insgesamt verfügen lediglich 47 Prozent (1999) der Gesamtbevölkerung Madagaskars über eine Versorgung mit unbedenklichem Trinkwasser.